分子動力学とデータベースによる統合解析

摘要

X線結晶解析などで明らかになるタンパク質の構造は，結晶中に存在する多数の分子の平均構造でしかない。得られた構造からタンパク質の機能がどのように発揮されるのかを知るためには，その動的構造を「見る」必要がある。分子動力学シミュレーションは，タンパク質のフェムト秒からマイクロ秒の動的構造を見るための道具である。タンパク質にはもうーつの動きが存在する。その動きは何億年もかけて積み上げられた変化である。タンパク質の分子進化の跡は，データベースに蓄積された共通祖先由来のアミノ酸配列を比較することで，明らかにすることができる。スケールのまったく。異なるこれら二種類の「動的構造」を見ることによって，タンパク質が機能を発揮する機構の詳細を知ることができる。具体的なタンパク質をあげながら，これらの時間軸がどのように絡まり合っているのかを記す。