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Briefings in bioinformatics

Briefings in bioinformatics

SCIMEDLINE

中文名称：简报的生物信息学

ISSN：1467-5463
出版周期：Bimonthly

发文量：685

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1.Revealing protein-lncRNA interaction

机译：揭示蛋白质-lncRNA相互作用
- 作者：Ferre Fabrizio;Colantoni Alessio;Helmer-Citterich Manuela
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2016年第1期
- long non-coding RNAs;
- protein-RNA interactions;
- high-throughput sequencing;
- co-immunoprecipitation;
2.Systems medicine of inflammaging

机译：系统发炎药
- 作者：Castellani Gastone C.;Menichetti Giulia;Garagnani Paolo;Bacalini Maria Giulia;Pirazzini Chiara;Franceschi Claudio;Collino Sebastiano;Sala Claudia;Remondini Daniel;Giampieri Enrico;Mosca Ettore;Bersanelli Matteo;Vitali Silvia;do Valle Italo Faria;Lio Pietro;Milanesi Luciano
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2016年第3期
- propagation;
- ecological model;
- networks;
- multilayer networks;
- inflammation;
- multi-scale;
3.Correct machine learning on protein sequences: a peer-reviewing perspective

机译：正确的蛋白质序列机器学习：同行评审的观点
- 作者：Walsh Ian;Pollastri Gianluca;Tosatto Silvio C. E.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2016年第5期
- machine learning;
- protein sequence;
- posttranslational modification;
- predictor;
- training;
- evaluation;
4.Problems, challenges and promises: perspectives on precision medicine

机译：问题，挑战和承诺：精准医学的观点
- 作者：Duffy David J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2016年第3期
- systems medicine;
- personalized medicine;
- P4 medicine;
- mechanistic modelling;
- computational modelling;
- omic integration;
5.Untangling the complexity of blood coagulation network: use of computational modelling in pharmacology and diagnostics

机译：解开凝血网络的复杂性：计算模型在药理学和诊断学中的应用
- 作者：Shibeko Alexey M.;Panteleev Mikhail A.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2016年第3期
- computational systems biology;
- blood coagulation;
- thrombin generation;
- bleeding;
- thrombosis;
- drug development;
6.An overview of image-processing methods for Affymetrix GeneChips

机译：Affymetrix GeneChips的图像处理方法概述
- 作者：Arteaga-Salas JM;Zuzan H;Langdon WB;Upton GJG;Harrison AP
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
- Affymetrix microarrays;
- image processing;
- OLIGONUCLEOTIDE ARRAYS;
- EXPRESSION;
- MICROARRAYS;
7.Interoperability with Moby 1.0 - Its better than sharing your toothbrush

机译：与Moby 1.0的互操作性-比共享牙刷更好
- 作者：Wilkinson MD;Senger M;Kawas E;Bruskiewich R;Gouzy J;Noirot C;Bardou P;Ng A;Haase D;Saiz ED
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- semantic web;
- web services;
- interoperability;
- data integration;
- biomoby;
- schema;
- SEMANTIC WEB;
- SERVICES;
- BIOINFORMATICS;
- TAVERNA;
- BIOLOGY;
- TOOL;
8.Correlated substitution analysis and the prediction of amino acid structural contacts

机译：相关取代分析和氨基酸结构接触的预测
- 作者：Horner DS;Pirovano W;Pesole G
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
9.Penalized feature selection and classification in bioinformatics

机译：生物信息学中的惩罚特征选择和分类
- 作者：Ma S;Huang J
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
10.The HUPO proteomics standards initiativeeasing communication and minimizing data loss in a changing world

机译：HUPO蛋白质组学标准可在不断变化的世界中促进交流并最大程度地减少数据丢失
- 作者：Orchard S;Hermjakob H
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
11.Extensible open source content management systems and frameworks: a solution for many needs of a bioinformatics group

机译：可扩展的开源内容管理系统和框架：满足生物信息学小组许多需求的解决方案
- 作者：Mooney SD;Baenziger PH
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
- content management system;
- CMS;
- laboratory information management system;
- LIMS;
- website design;
- data management;
- open source software;
- WIKI;
- DATABASES;
- ONLINE;
12.A review of bioinformatics education in Germany

机译：德国生物信息学教育述评
- 作者：Koch I;Fuellen G
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- bioinformatics;
- education;
- Germany;
- master's degree;
- bachelor's degree;
- diploma;
- curriculum;
- DFG;
- BMBF;
- DATABASE;
- CLASSIFICATION;
- SEQUENCES;
- PROTEINS;
- DOCKING;
- DESIGN;
- LUDI;
13.The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education

机译：BREW研讨会系列：在博士教育中的激动人心的经验
- 作者：Giegerich R;Brazma A;Jonassen I;Ukkonen E;Vingron M
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- Bioinformatics Education;
- PhD student conference;
14.Automation of in-silico data analysis processes through workflow management systems

机译：通过工作流管理系统自动化计算机内数据分析过程
- 作者：Romano P
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
- biological data integration;
- automation of retrieval and analysis processes;
- XML;
- web services;
- workflow management systems;
- ontologies;
- WEB-SERVICES;
- MICROARRAY DATA;
- BIOINFORMATICS;
- ENACTMENT;
- TAVERNA;
- INFORMATION;
- MUTATIONS;
- FRAMEWORK;
- TRIANA;
- TOOL;
15.Current trends in the bioinformatic sequence analysis of metabolic pathways in prokaryotes

机译：原核生物代谢途径生物信息序列分析的最新趋势
- 作者：Brilli M;Fani R;Lio P
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
16.Gene-set approach for expression pattern analysis

机译：用于表达模式分析的基因组方法
- 作者：Nam D;Kim SY
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- gene set analysis;
- DNA microarray;
- differential expression of genes;
- MICROARRAY DATA;
- FUNCTIONAL INTERPRETATION;
- TESTING ASSOCIATION;
- ENRICHMENT ANALYSIS;
- PATHWAY;
- ONTOLOGY;
- ANNOTATION;
- SIGNATURES;
- PROFILES;
- SYSTEMS;
17.Information quality in proteomics

机译：蛋白质组学中的信息质量
- 作者：Stead DA;Paton N;Missier P;Embury SM;Hedeler C;Jin BL;Brown AJP;Preece A
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
18.Algorithms and tools for analysis and management of mass spectrometry data

机译：质谱数据分析和管理的算法和工具
- 作者：Veltri P
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
- mass spectrometry;
- protein databases;
- proteomics;
- protein identification;
- data management systems;
- LC-MS;
- OVARIAN-CANCER;
- PROFILE DATA;
- PROTEOMICS;
- CLASSIFICATION;
- SOFTWARE;
19.The Beta Workbench: a computational tool to study the dynamics of biological systems

机译：Beta Workbench：研究生物系统动力学的计算工具
- 作者：Dematte L;Priami C;Romanel A
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
- systems biology;
- modelling and simulation;
- computational biology;
- SIMULATION;
- EVOLUTION;
- NETWORKS;
- PATHWAYS;
- CASCADE;
- MODEL;
- NETS;
20.Protein structure databases with new web services for structural biology and biomedical research

机译：具有用于结构生物学和生物医学研究的新Web服务的蛋白质结构数据库
- 作者：Standley DM;Kinjo AR;Kinoshita K;Nakamura H
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
- PDB;
- functional annotation;
- molecular surface;
- structural alignment;
- protein universe;
- MOLECULAR-SURFACE;
- FUNCTIONAL SITES;
- DATA-BANK;
- EF-SITE;
- IDENTIFICATION;
- CLASSIFICATION;
21.Solutions for data integration in functional genomics: a critical assessment and case study

机译：功能基因组学中的数据集成解决方案：关键评估和案例研究
- 作者：Smedley D;Swertz MA;Wolstencroft K;Proctor G;Zouberakis M;Bard J;Hancock JM;Schofield P
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- BIOLOGICAL DATA;
- DATA RESOURCES;
- MOUSE;
- SOFTWARE;
- SYSTEM;
- BIOINFORMATICS;
- INFORMATION;
- DATABASES;
22.Biomedical ontologies: a functional perspective

机译：生物医学本体论：功能性观点
- 作者：Rubin DL;Shah NH;Noy NF
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第1期
- ontologies;
- annotation;
- data analysis;
- GENE ONTOLOGY;
- KNOWLEDGE;
- MODEL;
- INFORMATICS;
- VOCABULARY;
- PATHWAYS;
- BIOLOGY;
- BIOINFORMATICS;
- ENVIRONMENT;
- DATABASES;
23.Detecting short tandem repeats from genome data: opening the software black box

机译：从基因组数据中检测短串联重复序列：打开软件黑匣子
- 作者：Merkel A;Gemmell N
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
- microsatellite;
- tandem repeat;
- genome;
- algorithm;
- software;
- method;
- comparison;
- SIMPLE SEQUENCE REPEATS;
- AMINO-ACID REPEATS;
- SIMPLE ALGORITHM;
- DNA-SEQUENCES;
- MICROSATELLITES;
- EVOLUTION;
- GENES;
- IDENTIFICATION;
- INSTABILITY;
- MECHANISMS;
24.Experience using web services for biological sequence analysis

机译：使用Web服务进行生物序列分析的经验
- 作者：Stockinger H;Attwood T;Chohan SN;Cote R;Cudre-Mauroux P;Falquet L;Fernandes P;Finn RD;Hupponen T;Korpelainen E
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- BIOINFORMATICS;
- ANNOTATION;
- RESOURCE;
- DATABASE;
- TOOL;
25.Categorization of services for seeking information in biomedical literature: a typology for improvement of practice

机译：在生物医学文献中寻求信息的服务分类：改进实践的类型
- 作者：Kim JJ;Rebholz-Schuhmann D
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- GENE ONTOLOGY;
- BIOLOGY;
- MEDLINE;
- SEARCH;
- NAVIGATION;
- DISCOVERY;
- RETRIEVAL;
- PATTERNS;
- GENOMICS;
- NETWORK;
26.ROC analysis: applications to the classification of biological sequences and 3D structures

机译：ROC分析：在生物序列和3D结构分类中的应用
- 作者：Sonego P;Kocsor A;Pongor S
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
27.Approaches to dimensionality reduction in proteomic biomarker studies

机译：蛋白质组学生物标志物研究中的降维方法
- 作者：Hilario M;Kalousis A
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
28.Literature mining in support of drug discovery

机译：文献挖掘以支持药物发现
- 作者：Agarwal P;Searls DB
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- SYSTEMS BIOLOGY;
- BIOMEDICAL LITERATURE;
- INTERACTION DATABASE;
- DOCUMENT CLASSIFICATION;
- MEDLINE ABSTRACTS;
- PROTEIN-TRANSPORT;
- GENE-EXPRESSION;
- GOOGLE-SCHOLAR;
- TEXT;
- INFORMATION;
29.IMGT, a system and an ontology that bridge biological and computational spheres in bioinformatics

机译：IMGT，在生物信息学中架起生物学和计算领域的系统和本体
- 作者：Lefranc MP;Giudicelli V;Regnier L;Duroux P
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
- IMGT;
- immunoinformatics;
- immunogenetics;
- ontology;
- information system;
- systems biology;
- T-CELL-RECEPTOR;
- CHRONIC LYMPHOCYTIC-LEUKEMIA;
- VARIABLE DOMAINS;
- MHC SUPERFAMILY;
- IMMUNOGLOBULIN;
- GENE;
- COLLIERS;
- PERLES;
- IG;
- SEQUENCES;
30.Computational intelligence approaches for pattern discovery in biological systems

机译：用于生物系统模式发现的计算智能方法
- 作者：Fogel GB
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
31.The relative value of operon predictions

机译：操纵子预测的相对值
- 作者：Brouwer RWW;Kuipers OP;van Hijum SAFT
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
32.A critical examination of stoichiometric and path-finding approaches to metabolic pathways

机译：对代谢途径的化学计量和寻径方法的严格检查
- 作者：Planes FJ;Beasley JE
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
33.VisANT: an integrative framework for networks in systems biology

机译：VisANT：系统生物学网络的集成框架
- 作者：Hu ZJ;Snitkin ES;DeLisi C
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
- network;
- integration;
- systems biology;
- metagraph;
- visualization;
- GENE SET ENRICHMENT;
- PROTEIN INTERACTIONS;
- INTERACTION DATABASE;
- CELLULAR NETWORKS;
- VISUALIZATION;
- MODULES;
- GENOME;
- ORGANIZATION;
- INFORMATION;
- ENVIRONMENT;
34.Pfam 10 years on: 10 000 families and still growing

机译：Pfam 10年：10,000个家庭，并且仍在增长
- 作者：Sammut SJ;Finn RD;Bateman A
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- Pfam;
- protein families;
- classification;
- coverage;
- hidden Markov model;
- PROTEIN DOMAIN FAMILIES;
- PREDICTED SECONDARY STRUCTURES;
- MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT;
- STRUCTURAL PERSPECTIVE;
- DATABASE;
- EVOLUTION;
- GENOMES;
- ORFANS;
- CLASSIFICATION;
- RESOURCE;
35.Building a knowledge base for systems pathology

机译：建立系统病理学知识库
- 作者：Michael H;Hogan J;Kel A;Kel-Margoulis O;Schacherer F;Voss N;Wingender E
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- BINDING SITE COMBINATIONS;
- COMPOSITE MODULE ANALYST;
- INFORMATION RESOURCE;
- BIOLOGY;
- BIOINFORMATICS;
- IDENTIFICATION;
- INTEGRATION;
- ONTOLOGIES;
- PATHWAYS;
- MEDICINE;
36.Bioinformatics, multiscale modeling and the IUPS physiome project

机译：生物信息学，多尺度建模和IUPS生理组项目
- 作者：Hunter PJ;Crampin EJ;Nielsen PMF
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
- multiscale modeling;
- physiome project;
- markup languages;
- CellML;
- FieldML;
- VENTRICULAR ELECTROPHYSIOLOGY;
- COMPUTATIONAL PHYSIOLOGY;
- CARDIAC MYOCYTE;
- HEART;
37.Identification of replication origins in prokaryotic genomes

机译：鉴定原核基因组中复制起点
- 作者：Sernova NV;Gelfand MS
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
38.Computational methods for the comparative quantification of proteins in label-free LCn-MS experiments

机译：无标记LCn-MS实验中蛋白质定量比较的计算方法
- 作者：Wong JWH;Sullivan MJ;Cagney G
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
39.Data curation process curationdata integration science

机译：数据策划流程策划数据集成科学
- 作者：Goble C;Stevens R;Hull D;Wolstencroft K;Lopez R
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- WEB-SERVICES;
- BIOINFORMATICS;
- SYSTEM;
- ANNOTATION;
- RESOURCES;
- SOFTWARE;
- PROJECT;
- WSDL;
40.Biodiversity informatics: the challenge of linking data and the role of shared identifiers

机译：生物多样性信息学：链接数据的挑战和共享标识符的作用
- 作者：Page RDM
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
- biodiversity informatics;
- DOI;
- identifiers;
- knowledge integration;
- LSID;
- SemanticWeb;
- taxonomy;
- ANTS;
- DIVERSIFICATION;
- PHYLOGENY;
- HYMENOPTERA;
- SYSTEMATICS;
- FORMICIDAE;
- DEFINITION;
- MIRBELIEAE;
- TAXONOMY;
- FABACEAE;
41.A structured approach for the engineering of biochemical network models, illustrated for signalling pathways

机译：用于生化网络模型工程的结构化方法，说明了信号通路
- 作者：Breitling R;Gilbert D;Heiner M;Orton R
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第5期
- systems biology;
- biochemical networks;
- modelling;
- signal transduction;
- Petri nets;
- ordinary differential equations;
- SYSTEMS BIOLOGY;
- PETRI NETS;
- KINASE CASCADE;
- RECEPTOR;
- ULTRASENSITIVITY;
- SIMULATOR;
- DYNAMICS;
- MAPK;
42.Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program

机译：MAFFT多序列比对程序的最新进展
- 作者：Katoh K;Toh H
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
43.Machine learning methods for predictive proteomics

机译：预测蛋白质组学的机器学习方法
- 作者：Barla A;Jurman G;Riccadonna S;Merler S;Chierici M;Furlanello C
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第2期
- proteomics;
- selection bias;
- feature selection;
- functional profiling;
- MASS-SPECTROMETRY DATA;
- FEATURE-EXTRACTION;
- SELECTION BIAS;
- OVARIAN-CANCER;
- PEAK DETECTION;
- SERUM;
- CLASSIFICATION;
- MALDI;
- REPRODUCIBILITY;
- QUANTIFICATION;
44.Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server

机译：比勒费尔德大学生物信息学服务器上的两门交互式生物信息学课程
- 作者：Sczyrba A;Konermann S;Giegerich R
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第3期
- bioinformatics education;
- online courses;
- sequence analysis;
- dynamic programming;
- MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT;
- SECONDARY STRUCTURES;
- RNA SEQUENCES;
- DATABASE;
- SEARCH;
- INFORMATION;
- PACKAGE;
45.Facts from text: can text mining help to scale-up high-quality manual curation of gene products with ontologies

机译：来自文本的事实：文本挖掘能否帮助扩展具有本体论的基因产物的高质量手动管理
- 作者：Winnenburg R;Wachter T;Plake C;Doms A;Schroeder M
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第6期
- PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS;
- BIOMEDICAL LITERATURE;
- CONTROLLED VOCABULARIES;
- INTERACTION DATABASE;
- ANNOTATION;
- BIOLOGY;
- NETWORK;
- MEDLINE;
- GO;
- IDENTIFICATION;
46.The TRANSFAC project as an example of framework technology that supports the analysis of genomic regulation

机译：TRANSFAC项目作为支持基因组调控分析的框架技术实例
- 作者：Wingender E
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2008年第4期
47.Stability and aggregation of ranked gene lists

机译：排名基因列表的稳定性和聚集
- 作者：Anne-Laure Boulesteix;Martin Slawski
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第5期
- Univariate analysis;
- differential expression;
- top-list;
- ranking;
- variability;
- bootstrap;
48.Taming the complexity of biological pathways through parallel computing

机译：通过并行计算驯化生物途径的复杂性
- 作者：Ballarini P;Guido R;Mazza T;Prandi D
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第3期
- ODE numerical solutions;
- stochastic simulation;
- model checking;
- parallel computing;
- biological pathways;
49.De novo sequencing of plant genomes using second-generation technologies

机译：使用第二代技术从头进行植物基因组测序
- 作者：Imelfort M;Edwards D
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第6期
- genome sequencing;
- second generation;
- next generation;
- illumina;
- Roche 454;
- de novo assembly;
50.Development of biomarker classifiers from high-dimensional data

机译：从高维数据开发生物标志物分类器
- 作者：Songjoon Baek;Chen-An Tsai;James J.Chen
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第5期
- class prediction;
- cross-validation;
- feature selection;
- frequency of selection;
- stable feature set;
51.Building biomedical web communities using a semantically aware content management system

机译：使用语义感知的内容管理系统建立生物医学网络社区
- 作者：Sudeshna Das;Lisa Girard;Tom Green;Louis Weitzman;Alister Lewis-Bowen;Tim Clark
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第2期
- Semantic Web;
- scientific communities;
- ontology;
- content management system;
52.Domain mobility in proteins: functional and evolutionary implications

机译：蛋白质中的结构域迁移性：功能和进化意义
- 作者：Basu MK;Poliakov E;Rogozin IB
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第3期
- mobile domain;
- promiscuous domain;
- domain network;
- domain architecture;
- domain evolution;
53.Simulation of DNA sequence evolution under models of recent directional selection

机译：最近方向选择模型下DNA序列进化的模拟
- 作者：Kim Y;Wiehe T
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第1期
54.Flux balance analysis of biological systems: applications and challenges

机译：生物系统通量平衡分析：应用和挑战
- 作者：Karthik Raman;Nagasuma Chandra
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第4期
- network reconstruction;
- metabolic network analysis;
- objective functions;
- genome scale modelling;
- reactome modelling;
55.Exploring autonomy through computational biomodelling

机译：通过计算生物建模探索自主性
- 作者：Niall Pal freyman
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2009年第4期
- autonomy;
- computational biomodelling;
- emergence;
- enactive evolution;
- niche construction;
56.Advantages of mixing bioinformatics and visualization approaches for analyzing sRNA-mediated regulatory bacterial networks

机译：混合使用生物信息学和可视化方法分析sRNA介导的调控细菌网络的优势
- 作者：Thebault Patricia;Bourqui Romain;Benchimol William;Gaspin Christine;Sirand-Pugnet Pascal;Uricaru Raluca;Dutour Isabelle
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- bacterial small RNAs;
- regulatory network;
- enrichment methods;
- visualization software;
57.Evaluation of a two-stage framework for prediction using big genomic data

机译：使用大基因组数据评估两阶段预测框架
- 作者：Jiang Xia;Neapolitan Richard E.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- big data;
- high-dimensional data;
- prediction;
- Bayesian network;
- GWAS;
- SNP;
58.Pathogenicity prediction of non-synonymous single nucleotide variants in dilated cardiomyopathy

机译：扩张型心肌病中非同义单核苷酸变异的致病性预测
- 作者：Mueller Sabine C.;Backes Christina;Haas Jan;Katus Hugo A.;Meder Benjamin;Meese Eckart;Keller Andreas
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- nsSNVs;
- DCM;
- pathogenicity prediction;
- concordance;
- performance quality;
59.Discriminative pattern mining and its applications in bioinformatics

机译：判别模式挖掘及其在生物信息学中的应用
- 作者：Liu Xiaoqing;Wu Jun;Gu Feiyang;Wang Jie;He Zengyou
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- discriminative pattern mining;
- contrast sets;
- emerging patterns;
- subgroup discovery;
60.Exome sequence read depth methods for identifying copy number changes

机译：外显子组序列读取深度方法，用于识别拷贝数变化
- 作者：Kadalayil Latha;Rafiq Sajjad;Rose-Zerilli Matthew J. J.;Pengelly Reuben J.;Parker Helen;Oscier David;Strefford Jonathan C.;Tapper William J.;Gibson Jane;Ennis Sarah;Collins Andrew
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第3期
- whole exome sequencing;
- copy number variants;
- depth of coverage;
- chronic lymphocytic leukaemia;
- likelihood ratio;
61.Alternative applications for distinct RNA sequencing strategies

机译：不同RNA测序策略的替代应用
- 作者：Han Leng;Vickers Kasey C.;Samuels David C.;Guo Yan
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第4期
- RNAseq;
- data mining;
- SNP;
- mutation;
- exogenous RNA;
62.An assessment of computational methods for estimating purity and clonality using genomic data derived from heterogeneous tumor tissue samples

机译：使用来源于异质肿瘤组织样本的基因组数据评估纯度和克隆性的计算方法的评估
- 作者：Yadav Vinod Kumar;De Subhajyoti
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
- tumor purity and heterogeneity;
- mixed cell population;
- deconvolution;
- software;
63.Assessing the consistency of public human tissue RNA-seq data sets

机译：评估公共人体组织RNA-seq数据集的一致性
- 作者：Danielsson Frida;James Tojo;Gomez-Cabrero David;Huss Mikael
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- RNA-seq;
- public data;
- meta-analysis;
- gene expression;
- clustering;
64.Performance evaluation of DNA copy number segmentation methods

机译：DNA拷贝数分割方法的性能评估
- 作者：Pierre-Jean Morgane;Rigaill Guillem;Neuvial Pierre
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第4期
- DNA copy number;
- segmentation;
- realistic data generation;
- performance evaluation;
65.Case study: using sequence homology to identify putative phosphorylation sites in an evolutionarily distant species (honeybee)

机译：案例研究：使用序列同源性来鉴定进化距离遥远物种（蜜蜂）中假定的磷酸化位点
- 作者：Trost Brett;Napper Scott;Kusalik Anthony
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- phosphorylation;
- protein kinases;
- homology;
- biological databases;
- honeybee;
- Apis mellifera;
66.Detecting associations of rare variants with common diseases: collapsing or haplotyping?

机译：检测罕见变体与常见疾病的关联：崩溃还是单倍型？
- 作者：Wang Meng;Lin Shili
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- collapsing-based methods;
- haplotyping-based methods;
- population substructure;
- case-control samples;
- trios;
67.Circadian systems biology in Metazoa

机译：后生动物的昼夜节律生物学
- 作者：Lin Li-Ling;Huang Hsuan-Cheng;Juan Hsueh-Fen
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- circadian rhythm;
- systems biology;
- genomics;
- transcriptomics;
- proteomics;
68.Towards more accurate prediction of protein folding rates: a review of the existing web-based bioinformatics approaches

机译：为了更准确地预测蛋白质折叠速率：现有的基于网络的生物信息学方法的综述
- 作者：Chang Catherine Ching Han;Tey Beng Ti;Song Jiangning;Ramanan Ramakrishnan Nagasundara
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
- prediction tool;
- in silico prediction;
- machine learning algorithm;
- prediction model;
- statistical analysis;
- molecular biology;
69.A QTL model to map the common genetic basis for correlative phenotypic plasticity

机译：QTL模型可绘制相关表型可塑性的通用遗传基础
- 作者：Zhou Tao;Lyu Yafei;Xu Fang;Bo Wenhao;Zhai Yi;Zhang Jian;Pang Xiaoming;Zheng Bingsong;Wu Rongling
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第1期
- phenotypic plasticity;
- QTL;
- genetic correlation;
- EM algorithm;
70.RegScan: a GWAS tool for quick estimation of allele effects on continuous traits and their combinations

机译：RegScan：GWAS工具，用于快速估计等位基因对连续性状及其组合的影响
- 作者：Haller Toomas;Kals Mart;Esko Tonu;Maegi Reedik;Fischer Krista
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第1期
- GWAS;
- genome-wide analysis;
- linear regression;
- continuous traits;
- combinatorial traits;
- metabolomics;
71.Comparing the evolutionary conservation between human essential genes, human orthologs of mouse essential genes and human housekeeping genes

机译：比较人类必需基因，小鼠必需基因的人类直系同源物和人类管家基因之间的进化保守性
- 作者：Lv Wenhua;Zheng Jiajia;Luan Meiwei;Shi Miao;Zhu Hongjie;Zhang Mingming;Lv Hongchao;Shang Zhenwei;Duan Lian;Zhang Ruijie;Jiang Yongshuai
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- housekeeping gene;
- essential gene;
- evolutionary conservation;
72.The genomic and functional characteristics of disease genes

机译：疾病基因的基因组和功能特征
- 作者：Collins Andrew
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第1期
73.Making the difference: integrating structural variation detection tools

机译：发挥作用：整合结构变化检测工具
- 作者：Lin Ke;Smit Sandra;Bonnema Guusje;Sanchez-Perez Gabino;de Ridder Dick
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- structural variation detection;
- integrative pipelines;
- population genomics;
- next generation sequencing;
74.From miRNA regulation to miRNA-TF co-regulation: computational approaches and challenges

机译：从miRNA调控到miRNA-TF协同调控：计算方法和挑战
- 作者：Thuc Duy Le;Liu Lin;Zhang Junpeng;Liu Bing;Li Jiuyong
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第3期
- miRNA;
- transcription factor;
- causality discovery;
- data integration;
- miRNA target;
- co-regulation;
75.Measures for the degree of overlap of gene signatures and applications to TCGA

机译：衡量基因签名的重叠程度及其在TCGA中的应用
- 作者：Shi Xingjie;Yi Huangdi;Ma Shuangge
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第5期
- gene signature;
- degree of overlap;
- TCGA;
- cancer prognosis;
76.Kernel methods for large-scale genomic data analysis

机译：大规模基因组数据分析的内核方法
- 作者：Wang Xuefeng;Xing Eric P.;Schaid Daniel J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
- kernel methods;
- machine learning;
- association test;
- prediction;
- structured mapping;
- lasso;
- kernel logistic regression;
77.Advances in network-based metabolic pathway analysis and gene expression data integration

机译：基于网络的代谢途径分析和基因表达数据整合的进展
- 作者：Rezola Alberto;Pey Jon;Tobalina Luis;Rubio Angel;Beasley John E.;Planes Francisco J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
78.Allotetraploid and autotetraploid models of linkage analysis

机译：异源四倍体和同源四倍体连锁分析模型
- 作者：Xu Fang;Tong Chunfa;Lyu Yafei;Bo Wenhao;Pang Xiaoming;Wu Rongling
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第1期
- double reduction;
- preferential pairing factor;
- autotetraploid;
- allotetraploid;
- linkage analysis;
79.On the validity of time-dependent AUC estimators

机译：关于时间依赖性AUC估计量的有效性
- 作者：Schmid Matthias;Kestler Hans A.;Potapov Sergej
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第1期
- molecular markers;
- survival analysis;
- time-dependent AUC;
80.A multi-Poisson dynamic mixture model to cluster developmental patterns of gene expression by RNA-seq

机译：多泊松动态混合模型通过RNA-seq聚类基因表达的发育模式
- 作者：Ye Meixia;Wang Zhong;Wang Yaqun;Wu Rongling
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
- multivariate poisson;
- RNA-seq;
- gene expression;
- gene cluster;
- mixture model;
81.2HiGWAS: a unifying high-dimensional platform to infer the global genetic architecture of trait development

机译：2 HiGWAS：一个统一的高维平台，可推断性状发育的全球遗传结构
- 作者：Jiang Libo;Liu Jingyuan;Zhu Xuli;Ye Meixia;Sun Lidan;Lacaze Xavier;Wu Rongling
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- GWAS;
- variable selection;
- functional mapping;
- complex trait;
- QTL;
82.Docking small peptides remains a great challenge: an assessment using AutoDock Vina

机译：对接小肽仍然是一个巨大的挑战：使用AutoDock Vina进行评估
- 作者：Rentzsch Robert;Renard Bernhard Y.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第6期
- peptides;
- docking;
- protein-peptide docking;
- AutoDock Vina;
- benchmark;
83.Rich annotation of DNA sequencing variants by leveraging the Ensembl Variant Effect Predictor with plugins

机译：通过使用带有插件的Ensembl Variant Effect Predictor，对DNA测序变异进行丰富注释
- 作者：Yourshaw Michael;Taylor S. Paige;Rao Aliz R.;Martin Martin G.;Nelson Stanley F.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第2期
- Ensembl Variant Effect Predictor;
- plugin;
- annotation;
- DNA sequencing;
- database;
84.Apoptosis regulatory protein-protein interaction demonstrates hierarchical scale-free fractal network

机译：凋亡调节蛋白-蛋白相互作用证明了无鳞的分形网络
- 作者：Nafis Shazia;Kalaiarasan Ponnusamy;Singh R. K. Brojen;Husain Mohammad;Bamezai Rameshwar N. K.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第4期
- apoptosis;
- TP53;
- BRCA1;
- hierarchical scale-free fractal;
- network biology and protein-protein interaction;
85.An open-pollinated design for mapping imprinting genes in natural populations

机译：一种开放授粉的设计，用于绘制自然种群中的印迹基因
- 作者：Sun Lidan;Zhu Xuli;Bo Wenhao;Xu Fang;Cheng Tangren;Zhang Qixiang;Wu Rongling
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2015年第3期
- genetic imprinting;
- open pollination;
- outcrossing plants;
- haplotype;
- EM algorithm;
86.Identification of aberrant pathways and network activities from high-throughput data

机译：从高通量数据中识别异常途径和网络活动
- 作者：Wang J.;Zhang Y.;Marian C.;Ressom H.W.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第4期
- Biological networks;
- Biomarker discovery;
- Omics studies;
- Pathways;
- Systems biology;
87.Building an HIV data mashup using Bio2RDF

机译：使用Bio2RDF构建HIV数据混搭
- 作者：Nolin M.;Dumontier M.;Belleau F.;Corbeil J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第1期
- HIV;
- Linked data;
- Mashup;
- Semantic web;
88.A toolbox for developing bioinformatics software

机译：开发生物信息学软件的工具箱
- 作者：Rother K.;Potrzebowski W.;Puton T.;Rother M.;Wywial E.;Bujnicki J.M.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第2期
- Programming;
- Project management;
- Software development;
- Software quality;
89.Ultrafast clustering algorithms for metagenomic sequence analysis

机译：用于宏基因组序列分析的超快速聚类算法
- 作者：Li W.;Fu L.;Niu B.;Wu S.;Wooley J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第6期
- Artificial duplicates;
- Clustering;
- Metagenomics;
- Next-generation sequencing;
- OTU;
- Protein families;
90.A practical guide for the computational selection of residues to be experimentally characterized in protein families

机译：蛋白质家族实验性残基计算选择的实用指南
- 作者：Benítez-Páez A.;Cárdenas-Brito S.;Gutiérrez A.J.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第3期
- Evolutionary information;
- Functional divergence;
- Multiple sequence alignment;
- Mutagenesis;
- Protein families;
- Residue selection;
91.Reverse engineering biomolecular systems using -omic data: Challenges, progress and opportunities

机译：使用组学数据逆向工程生物分子系统：挑战，进展和机遇
- 作者：Quo C.F.;Kaddi C.;Phan J.H.;Zollanvari A.;Xu M.;Wang M.D.;Alterovitz G.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第4期
- -omic data;
- Analysis-by-synthesis;
- High-throughput technology;
- Reverse engineering biological systems;
- Synthetic biology;
92.Calculating transcription factor binding maps for chromatin

机译：计算染色质的转录因子结合图
- 作者：Teif V.B.;Rippe K.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第2期
- Chromatin;
- DNA-protein binding;
- Dynamic programming;
- Lattice model;
- Nucleosome;
- Transcription factor;
93.Bayesian inference for genomic imprinting underlying developmental characteristics

机译：贝叶斯推断基因组印记潜在的发展特征
- 作者：Yang R.;Wang X.;Cui Y.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第5期
- Bayes factor;
- Bayesian model selection;
- Developmental traits;
- Imprinting pattern;
- Markov chain Monte Carlo;
- Quantitative trait loci;
94.Go-function: Deriving biologically relevant functions from statistically significant functions

机译：开始功能：从具有统计意义的功能中得出生物学相关功能
- 作者：Wang J.;Zhou X.;Zhu J.;Gu Y.;Zhao W.;Zou J.;Guo Z.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第2期
- Biologically relevant term;
- Enrichment analysis;
- Gene Ontology;
- Redundancy;
- Statistically significant term;
95.Tools formanaging and analyzing microarray data

机译：用于管理和分析微阵列数据的工具
- 作者：Koschmieder A.;Zimmermann K.;Tri?l S.;Stoltmann T.;Leser U.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第1期
- Affymetrix;
- Bioinformatics;
- Data management;
- Databases;
- Differential gene expression;
- Microarray;
- Statistical data analysis;
96.Functional mapping of ontogeny in flowering plants

机译：开花植物个体发育的功能图谱
- 作者：Zhao X.;Tong C.;Pang X.;Wang Z.;Guo Y.;Du F.;Wu R.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第3期
- Developmental stage;
- Functional mapping;
- Growth;
- Ontogeny;
- Quantitative trait loci;
97.Random forest Gini importance favours SNPs with large minor allele frequency: Impact, sources and recommendations

机译：随机森林基尼重要性对等位基因频率较小的SNP的影响，影响和建议
- 作者：Boulesteix A.-L.;Bender A.;Bermejo J.L.;Strobl C.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第3期
- CART;
- cforest;
- Genetic association study;
- Random forest;
- Variable importance;
- Variable selection bias;
98.A computational framework for the inheritance pattern of genomic imprinting for complex traits

机译：复杂性状基因印记遗传模式的计算框架
- 作者：Wang C.;Wang Z.;Prows D.R.;Wu R.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第1期
99.Bioinformatics for personal genome interpretation

机译：用于个人基因组解释的生物信息学
- 作者：Capriotti E.;Nehrt N.L.;Kann M.G.;Bromberg Y.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第4期
- Deleterious variants;
- Gene prioritization;
- Genome interpretation;
- Genomic variant databases;
- Genomic variation;
100.Current opportunities and challenges in microbial metagenome analysis-A bioinformatic perspective

机译：微生物基因组学分析中的当前机遇与挑战-生物信息学的观点
- 作者：Teeling H.;Gl?ckner F.O.
- 期刊名称：《Briefings in bioinformatics》 | 2012年第6期
- 16S rRNA biodiversity;
- Binning;
- Bioinformatics;
- Genomic standards consortium;
- Metagenomics;
- Next-generation sequencing;

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