摘要:目的:测定FV基因组序列并分析其多态性。rn 方法:以感染FV 9天后小鼠脾脏为标本,提取总RNA。用随机引物将总RNA逆转录成cDNA。利用GenBank公布的序列设计6对特异性引物,以cDNA为模板重叠扩增FV基因组片断。PCR产物凝胶电泳分离纯化后,接入T载体,转化DH5α大肠杆菌细胞,涂板。PCR及酶切鉴定后每组挑一个阳性菌落测序。除却载体序列后的6段序列用ContigExpress拼接,从而获得连续的基因组序列。利用软件Clustalx1.83对比其与其他5条GenBank中的全基因组序列,分析SNPs信息、插入/缺失序列等。利用Phylip软件绘制进化树。rn 结果:①测序获得7610nt基因组序列信息,缺乏部分非编码区信息(5'约500nt,3端约150nt。②与GenBank中的5条已知序列比较后发现341处SNPs。其中gag基因含有65ntSNPs,其变异频率为4.0%;pol基因含有161nt SNPs,其变异频率为4.5%;env基因含有97ntSNPs,其变异频率为4.78%。③341处SNPs只有一处出现了三等位基因,其余皆为二等位基因。④80.6%的SNPs表现为碱基转换(A→G和T→C)⑤在nt7480-7490之间发现各基因组出现显著的插入/缺失变异,多达84nt。⑥nt4849的突变导致pol基因终止密码子由nt5320-5322提前至nt4849-4851。这个突变导致pol编码蛋白减少157个氨基酸。rn 结论: FV作为逆转录病毒其基因变异频率远高于其他RNA病毒和DNA病毒。SNP主要表现为以碱基转换为主(A→G和T→C),且多数为复等位基因。