タンパク質エネルギー地形における構造多様性と多次元エネルギー地形の新しい可視化手法

摘要

「エネルギー地形」という観点は、自由度の大きな系の動力学や熱力学的性質を調べる上で、重要な鍵となるものである。それらの系の動力学、熱力学的振る舞いは、N個の原子からなる系の場合、3N個のカルテシアン座標の関数として表されるポテンシャルエネルギー面（PoitentialrnEnergy Surface：PES）により決定されると考えられる。しかしながら、PESを基に自由度の大きな系の物理的性質を議論するには、二つの困難な問題がある。まず第一に、原子の数が増えるにrnつれて、一般に固定点の数が指数関数的に増加する。また第二に、多次元のPESの特徴を、問題の本質的側面を正確に捉えたまま低次元で可視化することが困難である。