基于GCBI平台骨关节炎芯片数据的生物信息学分析

摘要

目的 从已知的GCBI公共基因芯片分析平台着手初步探索骨关节炎的机制,寻找该病的关键性靶点基因,为今后的研究和治疗指明方向.方法 从公共基因芯片数据库GEO (Gene Expression Omnibus)选取GCBI平台支持后期处理分析的人类骨关节炎组织全基因组RNA芯片(样本为OA患者和正常人的滑膜及软骨组织),下载芯片数据,利用GCBI在线实验室筛选出骨关节炎差异基因,分别对差异基因进行GO富集分析、KEGG通路分析以及参与生物功能的蛋白相互作用网络分析.结果 从符合研究纳入条件的5个基因表达芯片数据集最终得到648个差异性基因,查到PRKCA、ITGB3、PLCB1、ADCY4、PIK3 R3、NRAS、ITPR1等7个功能性蛋白在OA疾病发展进程中意义重大,PI3K AKT、MAPK信号通路、细胞凋亡、牯附相关通路、Wnt通路、P53通路,VEGF通路共9条通路与骨关节炎的发病密切相关.结论 利用生物信息学有助于分析骨关节炎基因芯片数据,探索参与OA进程的核心蛋白和信号转导通路,为探索治疗靶点和发病机制提供理论依据.