Caracterización molecular y bioinformática de la proteína CagA de Helicobacter pylori a partir de biopsias gástricas de pacientes colombianos

摘要

El gen cagA de Helicobacter pylori codi fi ca para la proteína CagA considerada uno de los factores de viru- lencia cuya presencia se asocia a un mayor riesgo de padecer enfermedades gástricas severas. El presente estudio planteó como objetivo el dise?o de una estrategia molecular y bioinformática útil en la determinación de la presencia de secuencias repetitivas que pueden contener uno o más motivos de fosforilación (EPIYA). Se ampli fi có y secuenció la región variable de cag A en muestras H. pylori CagA positivas. Se realizó una búsqueda y selección de herramientas bioinformáticas que permitieran establecer las características de los motivos EPIYA. La presencia de motivos tipo EPIYA-A y EPIYA-B, seguido por una a dos repeticiones de EPIYA-C, similares a los reportados para países de Occidente, fueron encontrados. De las aplicaciones bioinformáticas evaluadas, solo un conjunto de herramientas demostró ser útil en la caracterización de las unidades de repetición en la proteína CagA.