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Logic Forest: an ensemble classifier for discovering logical combinations of binary markers

机译:逻辑林:用于发现二进制标记的逻辑组合的整体分类器

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摘要

>Motivation: Highly sensitive and specific screening tools may reduce disease -related mortality by enabling physicians to diagnose diseases in asymptomatic patients or at-risk individuals. Diagnostic tests based on multiple biomarkers may achieve the needed sensitivity and specificity to realize this clinical gain.>Results: Logic regression, a multivariable regression method predicting an outcome using logical combinations of binary predictors, yields interpretable models of the complex interactions in biologic systems. However, its performance degrades in noisy data. We extend logic regression for classification to an ensemble of logic trees (Logic Forest, LF). We conduct simulation studies comparing the ability of logic regression and LF to identify variable interactions predictive of disease status. Our findings indicate LF is superior to logic regression for identifying important predictors. We apply our method to single nucleotide polymorphism data to determine associations of genetic and health factors with periodontal disease.>Availability: LF code is publicly available on CRAN, .>Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译:>动机:高度敏感和特异的筛查工具可以使医生诊断无症状患者或高危个体中的疾病,从而降低与疾病相关的死亡率。基于多种生物标记物的诊断测试可以达到实现此临床获益所需的敏感性和特异性。>结果:逻辑回归是一种使用二元预测变量的逻辑组合预测结果的多变量回归方法,可产生可解释的模型。生物系统中复杂的相互作用。但是,在嘈杂的数据中其性能会下降。我们将用于分类的逻辑回归扩展到逻辑树的集合(Logic Forest,LF)。我们进行了仿真研究,比较了逻辑回归和LF识别疾病状态的可变相互作用的能力。我们的发现表明,LF在识别重要预测因子方面优于逻辑回归。我们将我们的方法应用于单核苷酸多态性数据,以确定遗传和健康因素与牙周疾病的关联。>可用性: LF代码在CRAN上公开可用。>联系方式: >补充信息:可在线访问生物信息学。

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