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SBML2TikZ: supporting the SBML render extension in LaTeX

机译:SBML2TikZ:在LaTeX中支持SBML渲染扩展

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摘要

>Motivation: The SBML Render Extension enables coloring and shape information of biochemical models to be stored in the Systems Biology Markup Language (SBML). Rendering of this stored graphical information in a portable and well supported system such as TeX would be useful for researchers preparing documentation and presentations. In addition, since the Render Extension is not yet supported by many applications, it is helpful for such rendering functionality be extended to the more popular CellDesigner annotation as well.>Results: SBML2TikZ supports automatic generation of graphics for biochemical models in the popular TeX typesetting system. The library generates a script of TeX macro commands for the vector graphics languages PGF/TikZ that can be compiled into scalable vector graphics described in a model.>Availability: Source code, documentation and compiled binaries for the SBML2TikZ library can be found at . In addition, a web application is available at >Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译:>动机:SBML渲染扩展程序可以将生化模型的颜色和形状信息存储在系统生物学标记语言(SBML)中。在诸如TeX之类的便携式且受良好支持的系统中呈现此存储的图形信息,对于研究人员准备文档和演示文稿很有用。此外,由于许多应用程序尚未支持Render Extension,因此有助于将这种渲染功能扩展到更流行的CellDesigner注释。>结果:SBML2TikZ支持自动生成用于生化的图形流行的TeX排版系统中的模型。该库为矢量图形语言PGF / TikZ生成TeX宏命令的脚本,该脚本可以编译为模型中描述的可伸缩矢量图形。>可用性: SBML2TikZ库的源代码,文档和已编译的二进制文件可以在找到。另外,可以在>联系方式: >补充信息:上找到Web应用程序,该信息可以从在线生物信息学获得。

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