Smith-Waterman算法OpenMP并行化

摘要

基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢.本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现.在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%.