灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

摘要

本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simple sequence repeats, SSRs)进行了系统分析.结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15 bp, 匹配值大于80 %).SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40 %,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列.其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9 %,单碱基重复序列数量最少,仅有285个.与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小.这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息.