AGPS基因沉默对神经胶质瘤细胞lncRNA、mRNA表达谱的影响及意义

摘要

cqvip:目的观察沉默烷基甘油酮磷酸合酶(AGPS)表达对神经胶质瘤细胞长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA表达谱的影响,并预测其生物学功能。方法将神经胶质瘤U251细胞分为shR-AGPS-1组、shR-AGPS-2组和对照组,分别转染shR-AGPS-1、shR-AGPS-2和阴性对照慢病毒,筛选单克隆细胞后观察细胞形态。采用Western blotting法检测AGPS表达,基因芯片技术检测lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,对lncRNA共表达mRNA进行基因本体(GO)及京都基因与基因组大百科全书(KEGG)通路富集分析,构建信号通路作用网络、全局信号转导网络、lncRNA对通路的调控网络。结果与对照组比较,shR-AGPS-1组和shR-AGPS-2组细胞均出现团缩以及增殖抑制等变化,且shR-AGPS-2组变化更加显著。shR-AGPS-1组、shR-AGPS-2组细胞AGPS蛋白相对表达量均低于对照组,且shR-AGPS-2组降低更明显(P均<0.05)。与对照组比较,shR-AGPS-1组有73个lncRNA表达上调、107个lncRNA表达下调、13个mRNA表达上调、63个mRNA表达下调,shR-AGPS-2组266个lncRNA表达上调、233个lncRNA表达下调、61个mRNA表达上调、111个mRNA表达下调。GO富集分析显示共表达的mRNA主要参与细胞对缺氧的反应等生物学过程,KEGG富集分析显示晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体信号通路的富集度最高。信号通路作用网络和全局信号转导网络中连线较多的节点为磷脂酰肌醇三激酶(PI3K)信号通路、Toll样受体信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等。lncRNA对通路的调控网络中lncRNA AK093732处于网络调控的枢纽地位,细胞因子及其受体相互作用为差异lncRNA调控的核心通路。结论沉默AGPS表达可通过引起神经胶质瘤细胞中相关lncRNA及其共表达mRNA的差异表达而影响细胞增殖和凋亡,其中PI3K、Toll样受体及VEGF信号通路可能是其主要靶点通路。