重组G3P13型A群猪轮状病毒全基因组测序分析

摘要

为了解引发四川某猪场腹泻疫情的猪轮状病毒(PoRV)基因组特征和遗传变异规律,采用RT-PCR分别扩增PoRV 11个基因节段,并克隆测序,通过生物信息学分析软件研究病毒基因组特征、变异性及遗传进化规律。结果显示,SCMY-1株基因合型为G3-P[13]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1,即G3P[13]型毒株。该毒株VP2、NSP2和NSP4基因与人源毒株同源性最高,分别与3株人源轮状病毒RVA/Human-wt/LKA/R1207/2009株、RVA/Human-wt/ZAF/UFS-NGS-MRC-DPRU2291/2009和RVA/Human/CU331-NR/08株单独聚为一小支,推测这可能增加SCMY-1株跨种传播到人的风险。此外,SCMY-1株VP4基因与美国3个猪源毒株同处一个小分支;VP7基因与RVA/Pig/China/LNCY/2016株遗传进化距离最近。上述结果提示,PoRV可能在国际和国内生猪贸易过程中被广泛传播。与NCBI上已登录毒株相比,SCMY-1株VP4、VP7蛋白氨基酸分别存在13个和2个独有氨基酸位点的突变,可能对VP4和VP7两个主要抗原毒力及抗原性产生影响。重组分析显示,SCMY-1株VP3基因由两个猪源亲本株重组而来,推测这可能增强病毒毒力和宿主适应性。研究结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关研究资料,为PoRV预防控制提供理论参考,也为深入研究PoRV跨物种传播的分子基础提供科学依据。