新城疫病毒Anhinga株HN基因的克隆与生物信息学分析

摘要

克隆新城疫病毒中等毒力株Anhinga(Anh)的血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,用生物信息学软件分析其编码蛋白结构与功能的差异。根据已知的HN基因序列,通过Primer Premier 5.0设计引物,提取新城疫病毒总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增HN基因,并将其连接到T载体上进行测序比对;用DNAman、DNAstar、MEGA7.0及在线分析预测软件对HN基因编码的蛋白进行生物信息学分析。结果显示,HN基因全长为1716 bp,与预期基因序列同源性达99.77%。其基本理化性质为亲水性跨膜蛋白,无信号肽序列,二级结构主要以无规则卷曲为主,属于神经氨酸酶CL21531超家族,三级结构与二级结构预测结果基本吻合,该蛋白存在多个潜在的B细胞表位。论文成功克隆并分析了HN基因所编码蛋白的主要特性及可能存在的抗原位点,为深入探究HN蛋白在NDV感染、增殖及抗肿瘤方面的作用奠定了基础。