WSSV 3个编码蛋白的基因密码子偏爱性分析

摘要

运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite) 的CHIPS(Condon Heterozygosity in a Protein Coding Sequence)和CUSP( Create a condon usage table)程序对WSSV 3个编码蛋白的基因密码子偏爱性分析,分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示,WSSV-vp37、WSSV-vp39及WSSV-vp19的Nc(Effective number of condons)值为49.897、48.640、46.868.3种蛋白的编码密码子使用频率有较大的差异,其在大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性也有不同,分析结果表明,WSSV-vp37和WSSV-vp39的密码子与原核生物及人的相差较大,其表达系统选择在酵母较为合适,而WSSV-vp19的密码子与原核和真核生物酵母相差较大.