基于网络药理学及高通量分子对接研究金花清感颗粒中结合SARS-CoV-2特定靶蛋白的活性化合物干预COVID-19的潜在分子机制

摘要

目的运用网络药理学及高通量分子对接技术,筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物,并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体对接活性较高的的活性化合物,并获取其对应靶标,利用STRING数据库进行靶标的蛋白网络互作,运用数据包进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果金花清感颗粒共筛选有效活性化合物276种,涉及靶标基因325个。"药物-活性化合物-靶标"网络图中筛选出关键化合物11个,高通量分子对接筛选得到与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体结合活性较好的8个化合物,其靶基因的PPI网络主要涉及AKTI、HSP90AA1、RELA等核心靶蛋白。KEGG富集分析获得94条相关通路,主要包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、丙型肝炎、麻疹、人巨细胞病毒感染、EB病毒感染等病毒相关通路以及IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE等途径。结论金花清感颗粒中3-甲氧基光甘草定、粗毛甘草素C、甘草查尔酮B等活性成分与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体酶结合活性较强,并且通过多种生物学途径及通路发挥干预COVID-19的作用。