基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法

摘要

第三代测序技术产生的长序列错误率非常高,现有的长序列纠错算法还有待进一步提升纠错质量。本文通过遍历k值可变de Bruijn图来扩展连接种子形成种子序列,使得序列路径覆盖长序列中未与短序列比对的区域;采用序列比对来纠正长序列与短序列对准的区域,并使用种子序列路径来纠正长序列未与短序列对准的区域。在模拟数据集和真实数据集上的实验结果表明,与已有的长序列混合纠错算法相比,本文的算法获得较高质量的纠错序列。