基于生物信息学分析的鼻咽癌预后相关基因筛选及功能预测

摘要

目的通过对鼻咽癌(NPC)原发性肿瘤和非肿瘤组织的测序数据进行生物信息学分析,筛选差异表达基因(DEG),并探究其对NPC发病和预后的影响。方法从基因表达数据库(GEO)中下载GSE53819芯片,用R语言筛选NPC组织与癌旁组织间差异表达基因;通过基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析对差异表达基因进行功能注释;用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape软件筛选关键基因。结果共发现2078个差异表达基因,上调和下调各1286个、792个;GO分析显示差异表达基因主要参与免疫反应、炎性反应、趋化作用等生物学过程;KEGG分析显示差异表达基因与细胞因子-细胞因子受体互作、趋化因子信号通路相关;从PPI网络中获得CCL7、CCL21、MMP1、CXCL10、CXCL11、IL1A、PLAU共7个关键基因。结论利用生物信息学可筛选出NPC肿瘤组织和非肿瘤组织的差异表达基因,并推测关键基因在NPC中的潜在功能,为进一步研究NPC的相关机制提供理论依据。