白菜PRX基因家族的鉴定与生物信息学分析

摘要

为深入研究白菜(Brassica rapa)第Ⅲ类过氧化物酶(classⅢperoxidases,PRX)家族基因(BrPRX)的相关功能,通过全基因组分析技术鉴定其家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明:白菜基因组共有121个PRX基因,含有0~9个数量不等的内含子,在染色体上呈不均等分布,并有多对基因串联重复;系统进化树分析将白菜与拟南芥PRX家族基因分成5个簇;共线性与Ka/Ks分析表明,白菜和拟南芥之间有较高的同源性,且大部分BrPRX家族基因在进化中受到纯化选择;顺式作用调控元件分析发现,8个BrPRX基因与激素响应调节、光响应和抗逆等相关;此外,转录组数据表明,BrPRX基因具有组织表达特异性,且部分BrPRX基因在雄性不育材料中下调表达。上述研究结果为进一步研究白菜PRX基因功能奠定了基础。