调控网络分析肺栓塞患者外周血中lncRNAs、miRNAs和mRNAs的差异表达

摘要

目的研究肺血栓栓塞症(Pulmonary thromboembolism,PTE)患者外周血中长链非编码RNA(LncRNA)、小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的差异表达。方法收集2019年1—12月就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸神经内科确诊为PTE患者(PTE组)和健康体检者(对照组)的外周血各4例,采用TRIzol■Reagent提取总RNA,利用Illumina高通量测序技术进行基因测序,筛选两组差异表达基因,包括lncRNA、miRNA、mRNA。对DEGs(差异表达基因)进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)途径网络分析。构建PTE患者的miRNA-mRNA-lncRNA网络。结果在PTE组和对照组外周静脉血中共鉴定出2014个差异表达DEGs,包括430个lncRNA、63个miRNA、1521个mRNA(P均<0.05)。GO及KEGG分析显示DEGs主要参与的通路有基因表达、Wnt信号通路、细胞周期蛋白激酶1(PLK1)在G2/M期的活性调节、TLR级联中MAP激酶的活化、细胞周期、DNA重建等。分析miRNA-mRNA及miRNA-lncRNA调控关系并基于mRNA-lncRNA调控网络预测ceRNA,结果显示调控关系最多的miRNA为miR-1260和miR-1260a。结论调控网络分析能够用有效分析健康人群与肺栓塞患者血液中的差异表达基因,这些基因或可作为肺栓塞诊治的新靶点。