EB病毒潜伏膜蛋白2的二级结构分析和B细胞表位预测

摘要

目的:预测EB病毒(EBV)潜伏膜蛋白2(LMP2)的二级结构和B细胞表位。方法:以EBV标准株(B95.8)LMP2的完整氨基酸序列为基础,采用SOPMA、GOR、nnPredict和HNN四种方法分别预测LMP2的二级结构;并结合其跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、极性和柔韧性等进行综合分析,预测EBV LMP2的B细胞优势表位。结果:四种方法对EBVLMP2二级结构的预测均表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。B细胞优势表位可能位于其N端199～209、318～322和381～391区段。结论:用多参数预测EBV LMP2的二级结构和B细胞优势表位,可为其单克隆抗体的制备和表位疫苗设计等研究提供理论依据。