利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义

摘要

目的:探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。方法:基于TCGA数据库收集相关数据,挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。比较MED19在免疫分型中的表达差异,并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。通过Kaplan-Meier法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)并且筛选差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨MED19的表达对其他基因集的影响。利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。结果:在肿瘤组织中MED19的表达增加(W=1422,P<0.001),且MED19表达量与临床分期(stageⅡvs.stage I:W=5828,P<0.01,stageⅢvs.stage I,W=5707,P<0.01)、病理分级(G3 vs.G1:W=2656,P<0.05)和T分期(T2 vs.T1:W=6485,P<0.01,T3 vs.T1:W=5758,P<0.01,T4 vs.T1:W=770,P<0.05)相关。不同免疫亚型中MED19的表达存在差异,且MED19高表达引起基质得分减少(W=14363,P<0.01)。MED19高表达使肝癌患者生存率下降(χ^(2)=11.7,P<0.01),且是患者生存的独立危险因素(HR=1.123,P<0.01)。GSEA结果显示MDE19高表达组在癌症相关通路富集,此外MED19高表达组和低表达组差异基因的GO和KEGG分析表明,MED19高表达组中的上调表达基因也主要在细胞周期等相关通路富集。药物敏感性分析显示MED19在癌症中高表达与克拉屈滨(r=0.331,t=2.671,P=0.010)、白屈菜红碱(r=0.313,t=2.507,P=0.015)等药物的敏感性呈正相关。结论:MED19在肝癌中表达升高,且与肝癌的预后不良相关。