三种DNA提取方法对半滑舌鳎肠道菌群高通量测序结果的影响

摘要

本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提取半滑舌鳎肠道菌群基因组DNA,采用Illumina MiSeq高通量测序分析三种方法提取的样品DNA,比较其菌群结构特征和多样性。结果显示,三种方法提取的样品经检测共得到7516个OTU,而且鉴定的优势菌门一致,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋菌门(Spirochaetae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。通过Alpha多样性指数分析,CLU、ZBC、QIA方法对应的Chao1指数分别为5668、5868、4090;Simpson指数分别为0.021、0.022、0.018,QIA方法的Chao1和Simpson指数均低于其他两种方法。基于UniFrac距离矩阵进行Beta多样性分析显示CLU和QIA方法提取的样品之间的微生物群落结构和物种丰富度更相似。本研究表明不同方法提取的DNA经高通量测序分析鉴定到的主要优势菌群类别一致,但对一些丰度较低的菌群类别鉴定时存在偏差。