拟南芥和水稻转录因子WRKY同义密码子的偏好性分析

摘要

WRKY是植物特有的转录因子家族,主要参与植物的各种防卫反应,调节植物生长发育等.本文运用多元统计分析和相关分析等方法,对拟南芥和水稻WRKY基因的密码子用法进行了分析,发现两个物种WRKY基因的碱基组成不同,水稻基因在密码子第1、2和3位的GC含量均高于拟南芥,第3位差异最大.但两个物种的WRKY基因存在共同的进化趋势,即基因的GC3s逐步增大.对应分析结果显示,拟南芥WRKY基因的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响,水稻主要受碱基组成和基因表达水平两个因素的影响.最后确定了拟南芥和水稻WRKY基因家族的最优密码子,分别为11个和27个.研究结果为深入开展WRKY基因的进化、表达调控和提高该基因家族新成员预测的准确性等具有重要指导意义.