基于非负矩阵分解模型构建胃癌分子分型及预后评估的案例分析

摘要

目的·探究基于非负矩阵分解(NMF)模型构建胃癌分子分型对预后评估的作用。方法·从GEO下载胃癌样本转录组芯片数据集分别作为探索集和验证集,挖掘lnc RNA数据集,利用Consensus Cluster Plus软件包构建NMF分子分型模型。评估各亚组与患者预后及各项临床指标的相关性。结果·基于NMF模型将所有样本分为高危、中危和低危3个亚组。结合临床病理信息,发现复发时间、淋巴结转移阳性率、Lauren分型、TNM分期、发病年龄在3个亚组间的分布差异具有统计学意义。在GSE62254和GSE15459中生存分析提示高危组复发时间更短,多因素Cox风险比例回归分析提示基于NMF模型的分子分型是胃癌预后的独立预测因子。基因集差异分析(GSVA)和基因集富集分析(GSEA)发现高危组富集多个与肿瘤发生相关的通路。结论·基于NMF模型构建的胃癌分子分型对胃癌患者预后评估具有一定的指导意义。