日本对虾miR-34靶基因预测及其生物信息学分析

摘要

已有研究表明日本对虾(Marsupenaeus japonicus shrimp)miR-34(mja-miR-34)参与调控白斑综合症病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染,但其调控的宿主基因还未具体阐述.本研究首先比对了miR-34在17个物种中的序列,并使用TargetScan 5.1和miRanda预测了miR-34调控的宿主基因.结果显示,miR-34在物种进化过程中具有高度保守性;mja-miR-34可靶向作用于242个宿主编码的基因,且在病毒感染不同时间段呈现差异表达;利用GO注释和KEGG信号通路富集分析结果表明,mja-miR-34的靶基因参与细胞代谢、细胞信号转导、免疫系统以及遗传信息的调控等过程;mja-miR-34在对虾体内可调控靶基因(translation initiation factor)的表达.结果说明mja-miR-34及其靶基因参与病毒感染等多个细胞进程,但还有待进一步验证.本研究可为mja-miR-34靶基因的鉴定及其生物学功能的研究提供数据支持和理论指导.