微阵列数据扰动对错误发现率方法筛选差异表达基因的影响

摘要

目的:探讨微阵列数据的扰动对错误发现率(FDR)方法筛选差异表达基因的影响。方法:用计算机模拟仿真的方法,对1 991个结肠癌微阵列基因数据给予不同相对误差限的随机扰动,每个扰动进行1 000次随机模拟;用FDR的ALSU方法对无扰动数据与有扰动数据分别筛选差异表达基因,比较两者之间的重复率;分析数据扰动对每次基因排序位次变化的影响。结果:差异表达基因的单个平均重复率与总体平均重复率都随数据扰动的增加而下降。差异表达越显著的基因,受扰动误差的影响越小;在扰动误差限≤50%时,数据扰动与差异表达基因总体平均重复率呈线性递减趋势,数据扰动误差限每增加1%,总体平均重复率约下降1.85%。扰动误差限越大,基因排序位次的波动越大。结论:数据扰动是导致差异表达基因可重复性差的原因,用计算机模拟的方法可定量探讨数据扰动对差异基因筛选的影响。