AS-PCR检测TLR9基因SNP方法的建立及应用

摘要

目的 建立一种快速检测Toll样受体9(toll-like receptor 9,TLR9)基因rs187084和rs352140单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的方法,以及应用该方法检测湖北地区汉族人群各基因型的分布情况.方法 根据TLR9基因rs187084和rs352140 SNP中碱基变异频率分别设计野生型、突变型以及内参引物,建立等位基因特异性聚合酶链反应(allele specific PCR,AS PCR)检测135例体检人群外周血基因组DNA,以DNA测序法检测结果作为参照标准,并统计分析不同基因型在人群中的分布.结果 135例样本SNP位点均出现相应的野生型、突变型或者杂合子个体,AS-PCR的检测结果与DNA测序符合率为100％.湖北地区体检人群TILR9基因rs187084位点基因型为:CC型占8.14％(11/135),TT型占41.48％(56/135),CT型占50.37％(68/135).CC型所占比例最小(x2=82.21,P＜0.05),CT型比例略高于TT型,差异无统计学意义(x2=2.15,P＞0.05).TLR9基因rs352140位点基因型为:CC型占41.48％(56/135),TT型占11.11％(15/135),CT型占47.41％(64/135). TT基因型所占比例最小(x2=46.07,P＜0.05),CT型略高于CC型,差异无统计学意义(x2 =0.96,P＞0.05).结论 AS-PCR是一种简单、快速、可靠以及低成本检测TLR9基因SNP的方法.