基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

摘要

目的:通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法:采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源(TIMER2.0)、肿瘤免疫共基因小鼠(TISMO)、肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)和基因集癌症分析(GSCA)数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果:与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌(BRCA)、结肠腺癌(COAD)、食道癌(ESCA)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾性肾乳头状细胞癌(KIRP)、脑低级别胶质瘤(LGG)、肝细胞癌(LIHC)、卵巢浆液性囊腺癌(OV)、胰腺腺癌(PAAD)、前列腺癌(PRAD)、皮肤黑色素瘤(SKCM)、胃腺癌(STAD)、睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)、甲状腺癌(THCA)和子宫颈肉瘤(UCS)(P<0.01);与正常组织比较,乳腺癌、子宫内膜癌、肝癌、卵巢癌、皮肤黑色素瘤、睾丸癌、胰腺癌和前列腺癌组织中MSR1蛋白表达水平也有不同程度的升高。在膀胱尿路上皮癌(BLCA)[风险比(HR)=1.01, P=0.047, 95%CI (1.00, 1.03)]、 LGG [HR=1.03, P<0.001,95%CI (1.02, 1.04)]、 LIHC [HR=1.04, P=0.007, 95%CI (1.01, 1.07)]、 OV [HR=1.02, P=0.028, 95%CI (1.00, 1.03)]、 STAD [HR=1.02, P=0.016, 95%CI (1.00,1.04)]、 THCA [HR=1.06, P=0.006, 95%CI (1.02, 1.11)]和葡萄膜黑色素瘤(UVM)[HR=1.18,P=0.044,95%CI (1.00,1.40)]中MSR1高表达与患者较差的总生存期(OS)有关;在LGG [HR=1.03,P<0.001,95%CI (1.02,1.04)]、子宫宫体内膜癌(UCEC)[HR=1.05,P=0.038,95%CI(1.00,1.10)]和UVM [HR=1.2,P=0.036,95%CI(1.01,1.41)]中MSR1高表达与患者较差的疾病特异生存期(DSS)有关。单细胞测序,MSR1主要表达于树突状细胞(DC)和单核巨噬细胞。MSR1表达与多种免疫细胞浸润呈正相关关系(P<0.05),包括CD8+T淋巴细胞、自然杀伤(NK)细胞、调节性T淋巴细胞(Treg)和肿瘤相关成纤维细胞(CAF)。MSR1与经典免疫检查点基因和免疫治疗反应标志物呈明显正相关关系(P<0.05)。结论:MSR1在多种肿瘤组织中高表达,与多种肿瘤患者预后不良和免疫因素密切相关。MSR1可能作为一种诊断性的肿瘤标记物和肿瘤预后及免疫治疗效果的预测因子,并且有潜力成为一种新的治疗靶点。