拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析

摘要

利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重复序列。拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的27480条编码序列中，只有677条编码序列含有。725个简单重复序列，其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻(Dryza saaiva L.)第4号染色体的高度保守的基因中，简单重复序列却并不保守。通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异，推论出：水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大，这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一，水稻基因组中0．21％来自简单重复序列，而拟南芥中只有0．13％；不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同，而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同。在水稻和拟南芥中都发现了一些嵌套性的卫星序列。