通过目标区域DNA甲基化测序对隐源性肝癌差异性DNA甲基化谱的研究

摘要

目的 本研究通过高通量目标区域DNA甲基化测序技术,获得并分析隐源性肝癌(Cryptogenic hepatocellularcarcinomas,CR-HCC)与癌旁正常肝组织的差异性甲基化谱,探索引起隐源性肝癌发生的表观遗传学机制.方法 我们使用SureSelectXT人甲基化测序系统(SureSelectXT Methyl-Seq Target Enrichment System)对安徽医科大学第一附属医院2017年1月至2018年5月行肝癌切除术的3例患者的肝癌及癌旁非癌组织进行了目标区域DNA甲基化测序(targeted DNA methylationsequencing),并进行生物信息分析.结果 两种组织间筛选出1729个差异甲基化区域(Differentially methylated region,DMR).通过基因注释获得DMR相关基因(DMG)2091个,其中TIRAP TFAP2A,CTTN,USP18,ICAM5 MAP3K6等均可能参与隐源性肝癌的发生.DMG的GO富集分析表明,高甲基化DMG主要富集于:RNA代谢过程的调控(P =6.60E-12)、基因表达调控(P =7.54E-12)和细胞黏附(P=3.87E-08)等项.低甲基化DMGs主要富集于蛋白结合(P=1.21E-13)、细胞外配体门控离子通道活性(P=4.75E-05)、细胞骨架蛋白结合(P=1.55E-02)等.DMR相关基因KEGG富集通路分析表明,高甲基化DMGs富集通路包括:Rapl信号通路(P=1.41E-02)、调控干细胞多能性的信号通路(P=1.26E-02)以及雌激素信号通路(P =5.91E-03)等,而低甲基化DMGs富集通路包括:癌症中蛋白聚糖(P=5.04E-03)、钙信号通路(P=7.79E-03)等通路.结论 隐源性肝癌组织与癌旁组织间存在差异性DNA甲基化,其相关基因在相关通路中明显富集,为进一步研究隐源性肝癌的表观遗传机制提供线索与依据.