基于TCGA数据挖掘发现ITGB2可能影响急性髓细胞白血病的预后

摘要

〔目的〕通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的急性髓细胞白血病患者的转录本数据和临床数据,探寻AML的骨髓微环境中与肿瘤浸润免疫细胞(TICss)的相关预后基因.〔方法〕通过TCGA数据库下载AML患者的RNA-seq数据,通过R语言软件采用CIBERSORT和ESTIMATE算法计算其中肿瘤免疫细胞和基质细胞成分比例,Kaplan Meier分析绘制生存曲线,利用COX回归分析和蛋白互作网络(PPI)进行差异基因分析,随后利用韦恩图确定PPI和COX回归分析的集合基因.Kaplan Meier生存分析预测集合基因与AML患者的生存预后情况,后续进行基因集富集分析(GSEA)分析其相关富集通路、TICss比例及相关性分析.〔结果〕在AML的骨髓微环境中免疫细胞成分与预后相关(P<0.05),β2-整合素(ITGB2)在COX回归和PPI网络两个基因集中均存在,低表达ITGB2的AML患者生存预后更好(P<0.05).GSEA结果显示,高表达ITGB2与多条免疫相关信号通路相关,TICss分析发现ITGB2与9种免疫细胞相关.〔结论〕IT-GB2的表达量可能与AML患者的不良预后相关,可能通过影响骨髓微环境的免疫细胞发挥作用,提示ITGB2可能作为AML靶向治疗的潜在生物学靶点.