m^(7)G甲基化相关基因与HIV-INR患者免疫特征的关联性研究

摘要

目的:探讨N7-位鸟苷(m^(7)G)甲基化相关基因在HIV-1无免疫应答患者(HIV-INR)体内的变化及其与免疫功能的相关性。方法:基于多个GEO数据集,利用R语言软件包识别出m^(7)G甲基化相关差异基因(DmGs),利用广义线性模型(GLM)和支持向量机(SVM)以及列线图模型预测特征基因,与患者单样本基因集富集分析(ssGSEA)免疫细胞浸润进行相关性分析。共识聚类对差异基因等进行m^(7)G聚类亚型分析,亚型之间的差异基因构建GO和KEGG富集通路等。结果:最佳模型SVM筛选出特征基因EIF3D和SNUPN,且与HIV-INR患者的免疫功能具有较强相关性。患者m^(7)G聚类可以分为a、b两个亚型,亚型之间的m^(7)G评分等存在显著差异,其上调、下调基因所富集的通路不同,与心肌缺血等严重非艾滋病事件相关。结论:m^(7)G甲基化特征基因EIF3D、SNUPN的模型预测结果对HIV-INR患者的预后具有重要价值,可能是应对患者长期高效抗逆转录病毒治疗(HAART)下免疫反应障碍的新靶点。