多鳞鱚phds基因家族序列特征及其在低氧胁迫后表达变化

摘要

[目的]分析多鳞鱚(Sillago sihama)脯氨酸羟化酶(prolyl hydroxylases,Phds)基因家族序列特征,探讨其在低氧响应过程的作用.[方法]通过硬骨鱼类phds基因,在多鳞鱚转录组和基因组数据中比对筛选多鳞鱚phds基因.对多鳞鱚Phds蛋白序列进行结构域预测、系统进化和共线性分析等.采用实时荧光定量PCR检测phds基因在低氧胁迫和复氧后的表达变化.[结果]在多鳞鱚基因组中共鉴定到三个phds基因,分别是phd1、phd2和phd3,开放阅读框(ORF)全长分别为1635、1092、723 bp,分别编码544、363、240个氨基酸.结构域预测表明,多鳞鱚Phd1、Phd2、Phd3蛋白均含有P4Hc保守结构域.系统进化分析发现,多鳞鱚Phds均与大黄鱼(Larimichthys crocea)亲缘关系最近.共线性分析表明,多鳞鱚phds与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)上下游基因高度一致.phd1、phd2在低氧处理4 h鳃组织中mRNA表达显著高于常氧组(P0.05);phd3在低氧处理4 h的鳃组织中显著低于常氧组(P<0.05),而在心脏中显著高于常氧组(P<0.05).[结论]多鳞鱚存在phd1、phd2和phd3基因,并在不同组织的低氧响应中起重要作用.