传染性皮下及造血组织坏死病毒NJ株ORF3基因的原核表达及生物信息学分析

摘要

为探究本实验室分离的传染性皮下及造血组织坏死病毒NJ株(IHHNV-NJ) ORF3基因编码蛋白的结构特征,本实验根据ORF3基因序列设计引物,利用PCR方法克隆ORF3基因序列,并构建至原核表达载体pET-32a(+)中.对成功构建的pET32a-ORF3重组表达载体进行原核表达,获得49 ku的融合蛋白,符合预期大小.通过生物信息学软件对ORF3基因编码蛋白序列进行分析,结果显示,ORF3基因序列长度为990 bp,编码329个氨基酸;ORF3基因编码蛋白理论分子质量为37 385.2 u,等电点为7.22,为亲水性蛋白;该编码蛋白序列不存在跨膜区、信号肽切割位点;二级结构含有55.9％的α-螺旋、52.0％的β-折叠以及13.4％的β-转角;抗原表位分布较广泛,抗原性强;该编码蛋白序列不存在潜在的N-糖基化位点,存在13个潜在的O-糖基化位点和17个潜在的磷酸化位点.进化树结果表明,NJ株的ORF3基因编码蛋白序列与6株IHHNV序列同源性均高于96％,与厄瓜多尔株同源性最高,为99.7％.研究表明,ORF3基因编码IHHNV衣壳蛋白;O-糖基化位点可参与衣壳蛋白的组装过程及细胞侵染过程,磷酸化位点可参与病毒在对虾细胞内的增殖过程;ORF3编码蛋白序列保守性强,不影响病毒毒力和个体间感染能力.