最长模式子序列问题的算法分析

摘要

最长模式子序列问题在生物信息学中有重要的应用.本文首次提出求a=aoa1…an-1∈ωn的最长σ模式子序列的O(n2)时间算法,并对|σ|≤2的情形推广了RSK算法和标准Young表,对算法作了改进,得到了当|σ|=1时的O(nlogk)时间算法和当|σ|=2时的O(n)时间算法.