张氏江蓠microRNAs鉴定及其基因家族系统进化

摘要

cqvip:张氏江蓠是江蓠属的重要代表,具有宝贵的工业生产价值。随着海洋环境的恶化,江蓠资源亟待进一步开发与利用。作为基因转录后表达的重要调控子,microRNA (miRNA)在植物组织器官发育、生理调节、胁迫应答等方面起着关键的调控作用。然而,迄今仍未有张氏江蓠miRNA(gch-miRNA)信息的报道,极大地阻碍了江蓠属非编码RNA的相关研究。运用生物信息学技术,通过gch-ESTs与miRBase数据库的比对分析,共鉴定到6条gch-miRNAs。序列特征分析结果显示,鉴定的gch-miRNA序列基本可信,并在其它植物间有保守性和多态性特征。颈环引物qRT-RCR的试验验证进一步证实了鉴定结果的可靠性。部分miRNA基因家族的NJ系统进化结果显示:gch-miRNA位于进化树的外类群;miRNA的进化与物种本身的进化并不同步。TargetFinder筛选获得8条gch-miRNA靶标序列,psRNATarget预测其抑制类型均为切割抑制。首次公布了张氏江蓠miRNA及其靶标信息,综合分析了部分miRNA基因家族在不同植物物种间的系统进化关系。研究结果为张氏江蓠非编码RNA研究,高品质藻种分子选育及其资源的开发利用奠定了基础。