猪单核源性巨噬细胞受FSL-1刺激后lncRNAs的鉴定与特征分析

摘要

lncRNA是新近发现的一种具有重要功能的RNA分子,在各种生理活动中发挥着重要作用.为鉴定猪单核源性巨噬细胞受FSL-1刺激后相关的lncRNA,利用二代测序技术结合生物信息学对lncRNA进行了组装与特征分析.结果显示FSL-1刺激成功地构建了细胞炎症模型,试验组与对照组共鉴定到1056个lncRNA转录本,其对应于831个基因座,这些lncRNA的平均长度为1643 bp,平均外显子数为2.4个.相对于对照组,试验组有51个lncRNA上调表达,44个lncRNA下调表达.在上调lncRNA两侧相邻的蛋白质编码基因参与免疫反应、炎症反应、病毒反应等通路,而在下调lncRNA两侧相邻的蛋白质编码基因参与的通路较少,不参与上述通路.定量PCR结果显示挑选的4个lncRNA的差异倍数与RNA-Seq的结果相似,其中上调的lncRNA呈现一定的组织特异表达,而下调的lncRNA呈现多组织表达.这些结果为进一步研究lncRNA在FSL-1介导的炎症反应中的作用奠定了基础.