西北地区大蒜及其野生蒜SSR-PCR体系优化及引物筛选

摘要

为探索了解西北地区大蒜及其野生蒜资源之间的亲缘关系及变异特性,以25份西北地区及野生大蒜鳞茎和叶片为材料提取模板DNA,筛选适于简单重复序列(SSR)-PCR的反应体系。采用L_(16)(4^(3))正交表设计正交试验并进行单因素试验,对影响大蒜SSR-PCR的相关体系参数进行优化。结果表明,适用于大蒜的SSR反应体系总体积为10μL:模板DNA 30.0 ng,正反引物均为0.5μmol/L,2×Taq PCR Mix 5.0μL,其余用dd H_(2)O补齐。扩增程序:94℃预变性3 min;94℃变性30 s,不同引物最佳退火温度退火45 s,72℃延伸90 s;30次循环的最后1次循环72℃延伸设为10 min,4℃保存扩增产物。最终在上述PCR条件下从50对SSR通用引物中筛选出13对多态性好、稳定性高的适用于大蒜SSR-PCR多样性分析的候选引物。