辣椒基因组密码子使用偏性分析

摘要

为揭示辣椒基因组密码子偏性形成的影响因素,了解密码子偏性对基因表达的影响,以辣椒基因组和转录组数据为研究内容,利用CodonW和EMBOSS等软件对基因组密码子使用偏性进行分析。分析结果显示,辣椒编码基因平均GC含量为42.27%,偏好A/T作为密码子的第3位核苷酸,基因平均ENC值偏大;GC3与GC12相关性较弱,大部分基因远离ENC-plot曲线,近50%的基因ENC比值分布在GC3s的0.05~0.15组中;发现21个最优密码子,均以T、A或G结尾,大部分最优密码子在组织器官表达数据中得到验证。表明辣椒基因密码子使用偏性较低,除碱基突变外,较多地受到物种进化和人工选择等因素的影响。研究结果可为辣椒的分子进化和遗传育种研究提供理论依据。