RdDM(RNA-directed DNA methylation)是一种存在于植物中转录水平的基因沉默(Transcriptionalgene silencing,TGS)机制,需要DCL3、RDR2及AGO4/6等多种蛋白介导siRNA同源位点的甲基化.拟南芥中发现了独立于RdDM的一条新TGS途径,其关键蛋白为AtNERD1.AtNERD1能够与AGO2蛋白相互作用,产生21nt的sRNAs分子,介导某些新近进化基因的甲基化,并影响其组蛋白修饰.序列同源比对结果表明,水稻中存在有与AtNERD同源非常高的蛋白,分别命名为OsNERD1和OsNERD2.体外结合试验结果表明,OsNERD的PHD结构域能够结合H3K4me3,OsNERD1参与下游基因的表观调控.对Os-NERD突变体中一些转座子的检测表明,该基因的突变会影响转座子的表达量变化及其表观修饰,并且这些转座子集中在gypsy家族,gypsy家族转座子在营养核中表达活跃,可能与OsNERD1的花粉不育相关.
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