生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

摘要

目的应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白(matrix gamma linolenic acid protein,MGP)基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)和Genotype-Tissue Expression(GTEx)数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource(TIMER)网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关(P<0.05)。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关(P<0.05)。结论在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。