转录组-芯片数据联合分析鉴定鼻咽癌发生潜在关键信号通路和调节基因

摘要

目的本文主要探究鼻咽癌(Nasopharyngeal carcinoma,NPC)发生的潜在关键基因和信号通路。方法通过GEO数据库中2个转录组测序数据以及1个芯片数据,总计包括57例鼻咽癌数据和9个正常对照组数据,筛选出差异表达的基因,再进行GO和KEGG等分析。结果筛选得到580个共有上调表达基因,52个共有下调表达基因。上调基因主要与表皮、腺体和皮肤等与上皮发育相关的信号通路有关。下调基因主要与白细胞凋亡过程的负调控、Notch信号通路等有关。利用蛋白互作网络筛选,结果显示这些关键蛋白主要与G-蛋白耦合受体信号通路,趋化因子传导信号通路等有关。结论通过联合分析转录组和芯片数据,发现了与鼻咽癌的发生有关的信号通路和关键基因,为鉴定鼻咽癌的发生发展提供了重要依据。