长角血蜱饥饿雌成蜱转录组测序及分析

摘要

目的利用IlluminaHiSeq高通量技术对长角血蜱饥饿雌成蜱进行转录组测序。方法将测序得到的数据进行拼接组装,并利用生物信息学方法对所得序列进行基因功能注释、功能分类、代谢途径分析和简单重复序列标记等分析。结果共获得181 246 184个clean reads数据,组装后得到107 428个unigenes序列,平均长度1 246.29。以BLAST软件将所有的unigenes序列与Nr,Nt,Pfam,KOG,Swiss-prot,KEGG,GO数据库进行比对。与Nr数据库比对发现长角血蜱基因序列与同科肩突硬蜱(Ixodes scapularis)具有较高的同源性,为55.3%;根据GO数据库的注释,将其分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共56分支;通过与KOG数据库的注释划分25类;根据与KEGG数据库的分析发现含有代谢通路相关的基因有32类,其中较多的是信号转导(signal transduction)类,占12.13%。通过SSR位点查找共鉴定出45 863个SSR;SNP分析发现发生转换的SNP数为195 369个,发生颠换的SNP数为96 780个。结论通过对长角血蜱饥饿雌成蜱转录组水平分析,可为后续长角血蜱功能基因的挖掘及表达谱等方面的研究奠定基础。