基于生物信息学分析SCHIP1在急性髓系白血病中的表达及其临床意义

摘要

通过数据挖掘和生物信息学分析手段,探讨施旺膜蛋白相互作用因子1(schwannomin interacting protein 1,SCHIP1)基因在急性髓系白血病患者中的表达情况及其临床意义.首先,对Oncomine数据库中收录的所有急性髓系白血病(acute myloid leukaemia,AML)数据集进行荟萃分析,筛选出目标基因SCHIP1并进一步分析其在AML病人中的表达变化.随后,从GEO数据库中下载含生存信息的AML数据集源文件,分析SCHIP1表达对疾病的预后作用.另外,利用TCGA数据库对SCHIP1的表达情况进行亚组分析及与FLT3基因突变、PML/RARα融合基因和RAS活化等高危因素进行相关性分析.最后,利用GEPIA2工具验证SCHIP1的表达情况、预后意义及与FLT3、PML基因表达的相关性.结果 发现Oncomine数据库中收录了44个AML数据集,总计共3 534个样本数据.其中5个数据集共1 188个样本包含“Cancer vs.Norma1”的mRNA表达数据,对其进行荟萃分析显示SCHIP1位于显著高表达分子的第17位.生存分析显示,SCHIP1表达量与AML患者总体生存率呈负相关.亚组分析显示SCHIP1在M0/M1/M2中较M3/M6中表达更高,但与年龄、性别和种族无关.另外,相关性研究分析显示SCHIP1与FLT3基因突变弱相关,但与PML/RARα融合基因和RAS活化等高危因素无显著相关性.这些结果表明SCHIP1在急性髓系白血病中高表达,且其高表达与患者的生存预后呈显著负相关.因此,SCHIP1可作为疾病的预后生物标志物,并有望成为AML的精准治疗靶点.