基于离散曲线挠率的核酸序列的相似比对算法

摘要

离散曲线在3D空间描述了DNA字符序列走向与完整密码信息.当曲线与DNA序列在映射关系上具有一对一性质时,曲线本身的固有特征值就能够描述DNA序列的生物学特性.本文在目前成熟的Z曲线描述DNA序列的基础上,结合曲线的挠率,给出一种用于DNA离散曲线之间的相似度判定方法.通过对10种禽流感病毒cDNA序列的相似比较,验证该比对方法.与传统的动态规划算法相比较,本文方法更具有可靠性,并且在从传统的基因序列字符比对转化到空间的离散曲线相似比较时可以充分利用计算机几何学的方法.