Smith-Waterman算法的若干优化及并行实现

摘要

Smith-Waterman算法是目前被使用最广泛的序列相似性比较算法之一,它适用于寻找局部相似序列对.该算法精确度较高,一直沿用到现在.目前,使Smith-Waterman算法提速,寻找该算法的优化方法,是世界各地的科学家们正花费大量心血研究的课题.该文从算法并行化着手,充分利用近期蓬勃发展的高性能计算机系统,提出了若干Smith-Waterman算法的优化思想,并在cluster机上实现.