GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算

摘要

10.3969/j.issn.1000-386x.2012.10.022%　　在集群与GPU组成的异构并行计算平台上，使用MPI+CUDA混合编程模型，实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算。通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行，并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题，通过异构平台的异步并发方法进行优化，提高了求解效率。性能测试结果表明，相比于单纯MPI并行算法，优化后GPU加速的异构并行算法，在化学大分子模型电荷分布计算上，有着明显的性能优势。