基于生物信息学筛选红景天苷对大鼠缺血/再灌注神经保护作用的相关基因

摘要

目的 本研究旨在揭示红景天苷预处理在缺血/再灌注模型中影响的差异表达基因,并确定用于脑卒中治疗的特定且有意义的遗传靶标.方法 本研究从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)获得了基因表达数据集GSE52001,通过R语言筛选出经红景天苷预处理和未处理的缺血脑组织中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并分析了其富集途径.在STRING数据库中构建了蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,分子复合物检测(Molecular Complex Detection,MCODE)分析筛选得分最高的模块,最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,并在Cytoscape软件中将其可视化.结果 研究总共筛选了250个DEGs,下调了82个基因,上调了168个基因.筛选出的DEGs主要富集在类固醇代谢、激素代谢和炎症反应的生物学过程.通过MCODE分析筛选PPI网络得分最高的模块.最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,预测出红景天苷参与脑保护相关的非编码小分子RNA mir-19a-3p和转录因子TAL1.结论 通过生物信息学分析,红景天苷可能通过TAL1/Nr4a1/mir-19a-3p轴在缺血性/再灌注模型中发挥脑保护作用.