分支杆菌临床分离株的16S-23S rRNA基因转录间隔区的序列分析

摘要

目的建立鉴定分支杆菌分离株的16S-23S rDNA 转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列分析的方法,用该方法对临床分离株进行鉴定.方法对从重庆某医院分离的29株分支杆菌菌株分别进行了PCR扩增,得到它们的16S-23S rDNA ITS片段,并测定所得到片段的DNA序列.用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较,计算种间相似性,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树,对分离株进行鉴定.结果在ITS序列分析中,有10株的序列分别与结核分支杆菌复合群(Mycobacterium tuberc ulosis complex, MTC)、戈登分支杆菌,脓肿分支杆菌的序列完全一致. 依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种;4株16S rDNA序列分析不能准确鉴定的分离株中其中3株(M4、M5、M12)鉴定为戈登分支杆菌,1株(M23)鉴定为脓肿分支杆菌.部分分离株的的ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列,这些不同的序列之间的相似程度为27.1%～99.2%.用临床分离株的ITS序列与其最相似的已知分支杆菌的ITS序列构建的系统发育树,菌株分群与16S rDNA序列构建的系统发育树的分群基本一致.结论分支杆菌的16S-23S rDNA ITS序列比16S rDNA序列有更大的多样性,该序列分析可作为16S rDNA序列分析鉴定分支杆菌的一种补充.