猪乙型脑炎病毒SH0601株基因组序列分析及全长cDNA的构建

摘要

目的 对猪源乙型脑炎病毒SH0601株进行全序列测定与分析,以了解该株病毒的遗传特征,并构建全长cDNA克隆.方法 将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列.根据cDNA克隆酶切图谱分析,将5个片段先后克隆入pBluescript中构建JEV全长基因组cDNA.根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型.结果 序列分析表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3、SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3′NTR的10701nt处多一碱基"G",与上述4株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和JEV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅达88.7%,但SH0601株与6株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上.以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型.结论 SH0601株属于乙型脑炎病毒基因Ⅲ型.在高拷贝质粒pBluescript中可构建稳定的乙型脑炎病毒全长cDNA克隆.